クリーンルームに使える補助金は、工事の目的で決まります。新しい製品や新しい市場のために部屋を新設するなら「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」（以下、新事業進出・ものづくり）、既存の空調機を省エネ性能の高い機器へ更新するなら、環境共創イニシアチブ（SII）の「省エネ・非化石転換補助金」が中心です。前者の第1回公募は2026年10月30日18時が応募締切で、部屋の内装や空調を「建物費」として計上できるのは新事業進出枠とグローバル枠だけです。
どの制度も、交付決定の前に発注した経費は対象になりません。この記事では、募集状況、対象になる工事と機器、要件と返還の条件、スケジュール、施工会社に頼む見積もりを、各事務局の公募要領にあたって整理します（2026年10月6日確認）。
目次
クリーンルームの補助金は目的で選ぶ
クリーンルームの補助金は、新設や更新の目的が「新しい製品や市場」「省エネ」「省力化」のどれかで、使える制度が分かれます。クリーンルームだけを対象にした国の制度はなく、事業の目的に合う制度の中で、対象経費に当てはまる部分を申請します。
補助金とは、国や自治体が政策の目的に合う事業の経費の一部を、審査のうえで交付するお金です。採択されても、申請した経費がすべて認められるとは限りません。交付申請のときに経費が精査され、減額や対象外になることがあると、各公募要領に書かれています。
| 工事の目的 | 主な制度 | 対象になりやすい経費 | 補助率 | 募集状況（2026年10月6日確認） |
|---|---|---|---|---|
| 新しい製品・新しい市場のための新設 | 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（中小機構） | 新事業進出枠・グローバル枠は建物費（内装・空調など）と機械装置。革新的新製品・サービス枠は機械装置のみ | 中小企業者1/2（特例で2/3）、グローバル枠2/3など | 第1回：申請受付9月30日〜応募締切10月30日18:00 |
| 空調機・熱源の省エネ更新 | 省エネ・非化石転換補助金 設備単位型（SII） | 指定設備（業務・産業用エアコンなど）の設備費のみ | 1/3以内 | 4次公募：10月5日〜10月30日17:00必着（郵送） |
| 工場・事業場全体の省エネ改修 | 省エネ・非化石転換補助金 工場・事業場型（SII） | 設計費・設備費・工事費 | 一般枠は中小企業者等1/2以内（投資回収年数7年未満は1/3以内）など | 設備単位型と同じ日程 |
| 人手不足を補う省力化設備 | 中小企業省力化投資補助金 一般型（中小機構） | 機械装置・システム。建物と設置場所の整備工事は対象外 | 中小企業1/2（特例で2/3）、小規模企業者等2/3 | 第8回：10月16日17:00締切 |
| 大規模な設備投資 | 大規模成長投資補助金（経済産業省） | 投資額20億円以上（100億宣言企業は15億円以上）などの要件を満たす大規模投資 | 1/3以下 | 6次公募は8月31日17:00で締切 |
※各事務局の公募要領・公募ページで確認（2026年10月6日確認）。補助率の「特例」は、最低賃金の引き上げに関する特例の適用を受ける場合。募集状況は公募回ごとに変わるため、申請前に最新の公募要領を確認してください。
どの制度でも、工事の費用がまるごと対象になるわけではありません。部屋そのもの（内装・空調・照明）を対象にできる制度は限られ、空調機の本体だけ、装置だけが対象になる制度もあります。費用の相場は費用の記事、省エネの進め方は省エネの記事にまとめています。
参照：中小企業基盤整備機構 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回・1.3版）（2026年10月6日確認）
クリーンルームの補助金の募集状況
2026年10月6日時点で、クリーンルームの新設に使える国の補助金のうち申請を受け付けている中心の制度は、新事業進出・ものづくりの第1回公募です。以前よく紹介されていた事業再構築補助金と中小企業新事業進出補助金は、どちらも公募を終えています。
| 制度 | 状況（2026年10月6日確認） | 確認した公式情報 |
|---|---|---|
| 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（第1回） | 公募要領の公開は6月29日（9月に1.3版へ改訂）。申請受付は9月30日18時に始まり、応募締切は10月30日18:00。採択発表は2027年1月の予定 | 事務局サイトの公募スケジュール・中小企業庁 |
| ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金 | 第23次公募は5月8日17:00で締切。総合サイトの掲載は23次締切の採択結果まで | 中小企業庁・ものづくり補助金総合サイト |
| 中小企業新事業進出補助金 | 公募は終了 | 事務局サイト |
| 事業再構築補助金 | 公募は終了 | 事務局サイト |
| 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型・工場・事業場型） | 3次公募は9月28日17:00で締切。4次公募は10月5日に始まり、10月30日17:00必着（郵送）。交付決定は12月下旬の予定 | SII（10月5日更新の4次公募ページ） |
| 中小企業省力化投資補助金（一般型） | 第8回は9月18日に受付開始、10月16日17:00締切。採択発表は2027年2月上旬の予定 | 事務局サイトのスケジュール |
| 大規模成長投資補助金 | 6次公募は7月31日〜8月31日17:00で締切 | 東北経済産業局 |
※新事業進出・ものづくりの事務局サイトは、この制度が「中小企業新事業進出補助金」「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」とは異なる補助金であると明記している（2026年10月6日確認）。
事業再構築補助金や、以前のものづくり補助金を前提にした資料や提案を受け取ったら、いま公募している制度で選び直してください。補助率・上限額・対象経費は制度ごとに違い、旧制度の数字はそのまま使えません。
自治体の補助金はJ-Net21で探す
都道府県や市区町村にも、設備投資や省エネの補助金があります。中小機構のJ-Net21「支援情報ヘッドライン」では、国・都道府県の支援制度をカテゴリと地域から検索できます。SIIの省エネ補助金は、ほかの補助金等と対象経費が重なる併用を認めていませんが、地方公共団体が一般財源で実施するものとの併用は認めています。
参照：中小企業基盤整備機構 J-Net21「支援情報ヘッドライン」（2026年10月6日確認）
クリーンルームの工事は補助対象になるか
クリーンルームの工事が補助対象になるかは、工事の中身が税法上の「建物附属設備」か「機械装置・器具備品」かで分かれます。内装・空調・照明のような建物附属設備は、新事業進出・ものづくりでは、新事業進出枠とグローバル枠の「建物費」でしか計上できません。
| クリーンルームの部分 | 耐用年数の区分 | 新事業進出・ものづくり | 省力化投資（一般型） | 省エネ（設備単位型） |
|---|---|---|---|---|
| 間仕切り・天井・床の内装、空調・ダクト、照明・配線 | 建物附属設備 | 新事業進出枠・グローバル枠の建物費で対象。革新的新製品・サービス枠は対象外 | 対象外（建物の取得、設置場所の整備工事） | 対象外（設計費・工事費・配線や配管は対象外） |
| 空調機の本体（業務・産業用エアコンなど） | 建物附属設備 | 上と同じ | — | SIIの指定設備への更新なら設備費が対象 |
| 製造装置・検査装置、クリーンベンチなどの単体機器 | 機械及び装置、器具及び備品 | 機械装置・システム構築費で対象（既存設備の単なる置き換えは対象外） | 省力化の効果がある設備なら対象 | 指定設備に当たる生産設備に限る |
| 基礎工事・設置場所の整備工事 | — | 機械装置の据付けには含めない | 対象外 | 対象外 |
| コンテナなどの簡易建物の購入 | — | 対象外 | 対象外 | — |
※耐用年数の区分は当サイトの耐用年数の記事の整理。対象の可否は各公募要領の経費区分から当サイトが整理したもので、最終的な判断は各事務局の審査による（2026年10月6日確認）。
新事業進出・ものづくりの公募要領は、建物費を、専ら補助事業のために使う生産施設・加工施設・検査施設・作業場などの建設・改修に要する経費とし、減価償却資産の耐用年数等に関する省令の「建物」「建物附属設備」に係る経費を対象にしています。建物の単なる購入や賃貸は対象外で、入札または相見積もりが必要です。
機械装置の「据付け」は、設置と一体で捉えられる軽微なものに限られ、設置場所の整備工事や基礎工事は含められません。革新的新製品・サービス枠には建物費がないため、部屋をつくる工事は対象経費になりません。空調や間仕切りがどの区分に当たるかは耐用年数の記事で整理しています。
既存事業と共用する部屋は対象外
対象になるのは専ら補助事業のために使う経費で、既存事業と共用する経費は対象外です。既存製品を増産するためのクリーンルームは、新事業進出枠の「該当しない例」（既存の製品等の製造量を増大させる場合）にも当たります。取得した財産を既存事業に使うと、目的外の使用として残存簿価相当額などの納付を求められます。
参照：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回）1-2・1-6（2026年10月6日確認）
クリーンルーム新設の補助金の要件
クリーンルームの新設に使う中心の制度は、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金です。3つの枠があり、補助上限は従業員数で決まります。どの枠でも、付加価値額と賃金を伸ばす3〜5年の事業計画を立て、それを達成することが求められます。
| 項目 | 革新的新製品・サービス枠 | 新事業進出枠 | グローバル枠 |
|---|---|---|---|
| 対象の取り組み | 革新的な新製品・新サービスの開発 | 既存事業とは異なる新市場・高付加価値事業への進出 | 海外市場開拓（輸出）に向けた国内の輸出体制の強化 |
| 建物費 | 対象外（機械装置・システム構築費が必須） | 対象（機械装置・システム構築費か建物費のどちらかが必須） | 対象（同左） |
| 補助率 | 中小企業者1/2（特例で2/3）、小規模企業・小規模事業者と再生事業者2/3 | 1/2（特例で2/3） | 2/3 |
| 補助上限額 | 750万〜2,500万円（賃上げ特例で850万〜3,500万円） | 2,500万〜7,000万円（賃上げ特例で3,000万〜9,000万円） | 新事業進出枠と同じ |
| 補助下限額 | 100万円 | 750万円 | 750万円 |
| 補助事業実施期間 | 交付決定日から10か月以内（採択発表日から12か月以内） | 交付決定日から14か月以内（採択発表日から16か月以内） | 新事業進出枠と同じ |
※上限額は従業員数の区分で変わる。補助対象者は中小企業者など（製造業は資本金3億円以下または常勤従業員300人以下）。公募要領（第1回・1.3版）による（2026年10月6日確認）。
| 基本要件 | 中身 | 未達のとき |
|---|---|---|
| 付加価値額 | 事業計画期間に年平均成長率4.0%以上（付加価値額＝営業利益＋人件費＋減価償却費） | 計画の最終年度に目標値の達成が求められる |
| 1人あたり給与支給総額 | 年平均成長率3.5%以上。目標値を交付申請時までに従業員等へ表明する | 未達成率に応じて返還。表明していなければ交付決定取消・全額返還 |
| 事業場内最低賃金 | 毎年、地域別最低賃金より30円以上高い水準 | 満たさなかった年ごとに、交付額を計画期間の年数で割った額を返還 |
※付加価値額が増加しておらず、かつ企業全体で営業利益が赤字の場合（賃上げ要件は事業計画期間の過半数の年度、最低賃金の要件はその年度）や、天災など事業者の責めによらない理由がある場合は、一部返還を求めないとされている（公募要領 1-3-1、2026年10月6日確認）。
クリーンルームを新しくするだけでは、新事業進出枠には当たりません。新しい製品を、これまで対象にしていなかった顧客層へ売る事業の一部として、部屋と装置を計画します。
補助下限額から規模を逆算する
新事業進出枠とグローバル枠は補助下限額が750万円で、補助率1/2なら対象経費がおよそ1,500万円以上の計画が前提になります。当サイトの費用の記事で整理した公表価格（4㎡・クラス100,000で75万円から）のような小さなクリーンブースだけでは、この下限に届きません。革新的新製品・サービス枠の補助下限額は100万円です。
参照：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 事務局サイト（2026年10月6日確認）
クリーンルームの空調更新の補助金
既存のクリーンルームの空調機を省エネ性能の高い機器へ更新するなら、SIIの省エネ・非化石転換補助金が候補です。設備単位型（従来枠）は、SIIが指定した設備の本体の購入費だけが対象で、補助率は1/3以内です。工事費まで含めるなら工場・事業場型を検討します。
| 項目 | 設備単位型（従来枠） | 工場・事業場型（一般枠） |
|---|---|---|
| 対象の事業 | SIIが基準を定めて公表した指定設備（業務・産業用エアコン、産業ヒートポンプ、変圧器、産業用モータ、LED照明器具など）への更新 | オーダーメイド型設備や指定設備への更新などで、事業所の省エネを図る事業 |
| 補助対象経費 | 設備費のみ。設計費・工事費・撤去費、設置に伴う配線や配管は対象外 | 設計費・設備費・工事費 |
| 補助率 | 1/3以内 | 中小企業者等1/2以内（投資回収年数7年未満は1/3以内）、大企業1/3以内（同1/4以内） |
| 上限額・下限額 | 1億円・30万円 | 15億円（単年度事業）・100万円 |
| 省エネの要件 | 省エネ率10%以上、省エネ量1kl以上、経費1千万円あたり1kl以上のいずれか | 事業所単位の省エネ要件に加え、設備単位の要件もある |
| 大企業 | 省エネ法のクラス分けでSクラスに当たるなど、一定の要件を満たす場合に限る | 同左 |
| 4次公募 | 10月5日〜10月30日17:00必着（郵送） | 同左 |
※SIIの設備単位型・工場・事業場型の公募要領＜4次公募用＞による（2026年10月6日確認）。4次公募の交付決定は、どちらの型も12月下旬の予定とされている。
設備単位型では、異なる販売事業者3者以上への見積依頼か競争入札が求められ、見積書は補助対象経費と対象外経費が分かる明細にします。4次公募の交付決定は12月下旬の予定です。SIIから交付決定を受ける前に発注した事業は、補助の対象になりません。
クリーンルームの空調は、温湿度・清浄度・室圧を保つ条件で機器を選んでいます。指定設備の一覧にある機器でその条件を満たせるかは、申請の前に施工会社と確認してください。空調方式の違いは空調の記事、電気代の内訳と対策は省エネの記事で解説しています。
参照：環境共創イニシアチブ 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）4次公募（2026年10月6日確認）
クリーンルームの補助金は交付決定後に発注
どの制度も、交付決定の日より前に契約・発注した経費は補助の対象になりません。部屋の設計から引き渡しまでは時間がかかるため、公募の締切から逆算して、発注の時期と工期を決めておきます。
| 段階 | 日程 | この段階でできること |
|---|---|---|
| 公募開始 | 2026年6月29日 | 公募要領の確認、GビズIDプライムの取得、見積もりの取得 |
| 申請受付・応募締切 | 2026年9月30日〜10月30日18:00 | 電子申請システムで応募 |
| 採択発表 | 2027年1月（予定） | 採択されても、まだ発注はできない |
| 交付申請 | 原則、採択発表日から2か月以内 | 経費が精査され、減額・対象外になることがある |
| 交付決定後 | 新事業進出枠・グローバル枠は交付決定日から14か月以内に事業完了 | ここから発注・着工できる |
| 事業計画期間 | 補助事業終了後3〜5年 | 毎年の事業化状況報告で、賃金などの要件の達成状況を報告 |
※事務局サイトの公募スケジュールと公募要領（第1回）による（2026年10月6日確認）。GビズIDプライムアカウントの発行には1週間程度かかるとされている。
この日程どおりなら、第1回で採択されても、発注できるのは2027年1月の採択発表のあと、交付申請を経て交付決定を受けてからです。稼働を急ぐ計画では、交付決定を待つか、補助金を使わずに進めるかを先に決めます。
補助金を使わないほうがよい場合
次のような場合は、補助金を前提にしないほうが計画が崩れにくくなります。交付決定まで着工を待てない場合、既存製品の増産が目的の場合、賃金や最低賃金の目標を事業計画期間にわたって守れる見通しが立たない場合、補助額が下限額に届かない小さな工事の場合です。返還の条件があるため、採択後に計画を変えにくい点も含めて判断してください。
参照：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募スケジュール（2026年10月6日確認）
クリーンルームの補助金で施工会社に頼むこと
補助金を使うなら、見積もりの段階で施工会社に伝えます。経費の区分ごとに分けた見積明細、同じ条件での3者以上の相見積もり、交付決定後に着工できる工程の3つが、申請と交付申請の審査で必要になります。
| 頼むこと | 理由 | 根拠 |
|---|---|---|
| 見積明細を経費の区分（建物費・機械装置・対象外）で分ける | 対象外の経費が混ざると、交付申請で減額・対象外になる | 新事業進出・ものづくり 公募要領 1-6、SII 公募要領 |
| 同じ条件で3者以上の見積もり | 発注先1件あたり50万円（税抜）以上なら、3者以上の同一条件の見積もりが必要 | 新事業進出・ものづくり 公募要領 |
| 建設業許可の確認 | 建設業許可が必要な規模の建物で、許可のない業者の見積もりは認められない | 同上 |
| 交付決定後に着工する工程表 | 交付決定前の契約・発注は対象外 | 各公募要領 |
| 空調機の型番と省エネ量の計算 | 指定設備に当たるか、省エネ率などの要件を満たすかを申請前に確かめる | SII 公募要領 |
| 撤去・配線や配管・基礎工事の分離 | 設備単位型では対象外、省力化投資補助金では設置場所の整備工事は対象外 | SII・省力化投資補助金の公募要領 |
| 耐用年数の区分の整理 | 建物附属設備か機械装置かで、計上できる枠と経費区分が変わる | 耐用年数省令・新事業進出・ものづくり 公募要領 |
※各公募要領から当サイトが整理（2026年10月6日確認）。
事業計画は申請者自身が作る必要があり、作成そのものを申請者以外が行うことは認められていません。公募要領は、高額な成功報酬を求める、経費の水増しを提案するといった業者に注意するよう呼びかけています。補助金ありきで工事の範囲や金額を膨らませないことが、採択後の減額や返還を避ける近道です。
設計・施工の進め方と見積もりの取り方は設計・施工の手順の記事、既存の部屋の改修はクリーンルーム改修工事の会社比較、設備投資を抑える選択肢はクリーンルームのレンタル会社比較、小規模な設備はクリーンブースの記事で確認できます。相見積もりの依頼先はクリーンルームの施工会社比較から探せます。
参照：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回）価格の妥当性の確認（2026年10月6日確認）
クリーンルームの補助金に関するよくある質問
クリーンルームの補助金について、クリーンブースの購入に使えるか、事業再構築補助金は使えるか、税制優遇との併用、採択後の着工の時期、既存の部屋の改修に使えるかなど、発注前に多い質問に本文の内容をもとに答えます。
クリーンブースの購入にも補助金は使えますか？
事業の目的と枠によります。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金では、単体で置く機器は機械装置・システム構築費の区分で計上しますが、補助下限額（革新的新製品・サービス枠100万円、新事業進出枠とグローバル枠750万円）があり、既存事業と共用する設備や既存設備の単なる置き換えは対象外です。組み立て式のブースがどの区分に当たるかは構造によるため、事務局に確認してください。
事業再構築補助金はまだ使えますか？
使えません。事業再構築補助金の事務局サイトは、公募は終了していると掲載しています（2026年10月6日確認）。中小企業新事業進出補助金も公募を終えています。2026年6月29日に公募が始まった新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の第1回は、10月30日18時まで申請を受け付けています。
補助金と税制優遇は併用できますか？
SIIの省エネ・非化石転換補助金の公募要領は、中小企業経営強化税制との併用は可能とし、ほかの税制はそれぞれの税制担当窓口に問い合わせるよう書いています。ほかの補助金と対象経費が重なる併用はできませんが、地方公共団体が一般財源で実施する補助金との併用は認めています。
採択されたらすぐに工事を始めてよいですか？
始められません。採択のあとに交付申請をして経費の精査を受け、交付決定を受けてから発注・契約します。交付決定日より前に契約・発注した経費は補助の対象になりません。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の第1回では、採択発表は2027年1月の予定です。
既存のクリーンルームの改修にも使えますか？
改修の目的によります。空調機を省エネ性能の高い指定設備へ更新するなら、SIIの省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）が候補です。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の建物費は建物の改修も対象にしますが、専ら新しい事業のために使う部分に限られ、既存事業と共用する部分は対象外です。
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この記事を書いた人
執筆・編集：クリーンルームラボ 編集部
クリーンルームの設計施工会社について、対応分野・施工体制・公表実績を公式情報にもとづいてまとめています。
参照した情報：独立行政法人中小企業基盤整備機構 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回・1.3版）／新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 事務局サイト（公募スケジュール）／中小企業庁 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の第1回公募要領を公開しました（2026年6月30日）／中小企業庁 ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金の第23次公募要領を公開しました（2026年2月6日）／中小企業省力化投資補助金（一般型）スケジュール／中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募）／一般社団法人 環境共創イニシアチブ（SII）令和7年度補正予算 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）4次公募／SII 省エネ・非化石転換補助金（設備単位型）公募要領＜4次公募用＞／SII 省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）公募要領＜4次公募用＞／東北経済産業局 大規模成長投資補助金の6次公募を開始しました／事業再構築補助金 事務局サイト／中小企業新事業進出補助金 事務局サイト／J-Net21 支援情報ヘッドライン（中小企業基盤整備機構）（2026年8月29日確認）
最終更新：2026年10月6日